Pembangunan kaedah pengekstrakan RNA berkualiti tinggi daripada isi buah mangga Harumanis

Zulkifli Ahmad Seman, Sanimah Simoh dan Muhammad Fairuz Mohd Yusof

Ringkasan
Tisu tumbuhan yang mengandungi sejumlah besar polisakarida dan sebatian polifenol didapati agak sukar untuk mengekstrak RNAnya. Kit pengekstrakan RNA komersial yang berada di pasaran kini telah dibangunkan untuk pengekstrakan RNA berkualiti tinggi. Walau bagaimanapun, ia tidak spesifik kepada bahagian tertentu tisu tumbuhan terutamanya tisu buah. Selain itu, sebilangan besar kaedah manual yang telah dibangunkan mengandungi langkah-langkah yang rumit di samping RNA yang dihasilkan mempunyai kualiti yang rendah apabila digunakan untuk mengekstrak RNA daripada tisu tumbuhan berkayu (daun, batang buah). Dalam kajian ini, kaedah pengekstrakan RNA yang efisien telah dibangunkan untuk mengekstrak RNA berkualiti tinggi daripada tisu buah mangga Harumanis. Kaedah ini telah ditambah baik daripada kaedah yang telah dibangunkan untuk mengekstrak RNA daripada isi buah longan di mana kaedah ini berasaskan kepada langkah pemendapan RNA oleh cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) dan 10 M lithium chloride. RNA berketulenan dan berintegriti tinggi (nisbah A260/A280 antara 1.8 – 2.0 dan nisbah A260/A230 0.34) telah berjaya diekstrak mengunakan kaedah yang telah ditambah baik ini dan keseluruhan kuantiti RNA yang berjaya diekstrak bagi setiap gram tisu adalah melebihi 2.0 ?g. Tujuan utama pembangunan protokol pemencilan RNA daripada buah Harumanis pada indeks kemasakan 4 adalah supaya RNA berkualiti tinggi dapat diperoleh bagi memenuhi kriteria minimum penjujukan transkriptom di mana transkriptom memberi gambaran keseluruhan dalam pencirian, pengekspresan dan fungsian gen-gen yang terkandung dalam buah Harumanis.

Teks penuh (790KB)